1940年
1月中共江西省委、赣西南特委机关先后迁至赣州城郊。中共江西省委在赣州召开会议，针对一年来特别是，“平江惨案”以来，国民党顽固派不断制造磨擦事件的情况，决定建立武装根据地，准备应付国民党顽固派的突然事变。
2月 杨尚奎在延安向中共中央汇报赣南两年来的工作。3月至5月 国民党在赣州秘密逮捕大批共产党员、进步青年和进步人士。
4月1日中共中央书记处对赣南工作做出指示，指出目前赣南工作的基本方针是“持久苦干，积蓄力量”，并对巩固党的组织、统战工作，群众工作等方面提出了具体要求。
5月初中共赣南特委妇女部长危秀英离开赣南，赴延安任职，邓戈明接任妇女部长。
5月中旬中共广东省委机关移至信丰县潭塘坑酒壶脑，并举办了一期干部训练班。6月上旬，广东省委机关迁至广东南雄。
5月 因基层组织不断遭国民党的破坏以及中共赣州市委主要干部调出，中共赣西南特委决定撤销中共赣州市委，成立中共东南工合工作委员会，胡先行任书记，机关驻赣州城东郊水东沿上东南工合办事处内，有党员40人。工委主要领导工合系统内的党组织;机关团体中的党组织由赣西南特委直接领导。1941年因遭国民党破坏，东南工合工委停止组织活动。
5月中共宁都县工作委员会成立，邱远之任书记(后薛景杨、曾跃寰接任)。1941年3月28日，曾跃寰被捕叛变，宁都工委遭到破坏，被迫停止活动。
6月20日中共赣南特委青年部长朱平在信丰九渡乡被国民党特务逮捕(后叛变)。22日晨，国民党江西第四行政专署保安司令部和信丰县政府出动警察，突然包围中共赣南特委驻地信丰潭塘坑沙石村，武装袭击特委机关。与此同时，国民党军队和便衣队对赣南各县进行大搜捕，大批革命人士被捕人狱。事件发生后，中共赣南特委转至油山，重建武装，抗日锄奸，保存党在赣南的抗日力量。
6月22日中共赣南特委召开紧急会议，决定重新拿起武器，组织抗日锄奸队，进行自卫斗争;发表《告赣南同胞书》，揭露国民党当局倒行逆施、破坏抗日民族统一战线的罪行。
6月中共三南中心县委在全南社迳内半村建立了县委抗日自卫锄奸组，7月扩充为三南人民抗日锄奸队，下设2个分队。1941年1月，锄奸队与三南中心县委在龙南县洒源上中坪林木坑遭到国民党赣南当局的保安团长的袭击，突围中被冲散而解体。
7月24日中共三南中心县委建立抗日锄奸组，由赖荣柞任组长。不久，锄奸组扩大为三南人民抗日锄奸队，下设2个分队。
8月为自收并打击国民党顽固派，中共信丰县委在黄泥万岭坑成立信丰人民抗日锄奸队，有人枪40余。锄奸队活动在信丰县牛颈、黄泥排、大阿、长安和崇仙等地。1941年由于国民党不断进攻，形势恶化，锄奸队停止活动。
秋面对国民党赣南当局的武装进攻和政治迫害，赣南特委和信丰县委先后组织抗日锄奸工作队，开展武装自卫斗争。
11月中南康县委和区委领导人相继被捕牺牲，南康党组织停止活动。
12月 由于国民党的残酷“围剿”，中共赣南特委书记严重等被迫撤至广东南雄古坑活动。
12月蒋经国与广东省专员召开秘密会议，讨论两省联合“围剿”共产党问题。