1939 年
1月 中共江西省委将遂万泰县委改组为遂万泰中心县委下辖吉泰、遂万泰、兴国县委和吉安市委、遂川工委。
2月8日 为便于领导，中共闽西南特委决定汀瑞县委的组织关系转隶中共江西省委联系。
3月下旬 中共江西省委在南昌召开扩大会议，曾山传达中共中央六届六中全会精神，宣布中共江西省委改由中共中央南方局领导。会议确定，中共赣南特委划归中共广东省委领导，其所辖赣县、于都、兴国和赣州划归新组建的中共赣西南特委管辖。
3月27日 中共赣南特委在大余小汾村召开第二次扩大会议，传达讨论中共中央六届六次全会的决议和省委扩大会议精神。会议总结了一年来的工作，确定今后应利用国民党当局“保卫江西，巩固赣南”的口号，以战争动员为中心，大力开展抗日救国运动;要进一步巩固党的组织，停止发展新党员，转变斗争方式，精简特委和县委机构，提倡干部职业化，以社会职业掩护革命活动。信丰、三南等县委及时传达贯彻了这次会议精神，更加广泛地开展了抗日救亡运动。4月，特委机关迁驻信丰县潭塘坑。
3月底 日军侵占南昌后，南昌的许多机关、工厂和学校先后迁来赣州和赣南各县。天津、华北、沪杭等地撤至南昌从事抗日救亡运动的一批共产党员、进步青年也纷纷转到赣州。赣州成为江西抗日救国的后方重镇。为加强对赣州工作的领导，中共江西省委决定成立中共赣州市委。7月，中共赣州市委正式成立，余昕任书记，机关驻赣州城内西津路中华圣公会东南工合办事处内(1940 年初迁赣州城东郊水东沿坳上)，隶属于中共赣西南特委领导，下辖赣县抗敌后援会、赣县抗敌后援会宣慰团、瑞金工合训练班、四区保安司令部政工队、东南工合办事处、机器合作社、染布合作社等7个支部和文化工作、赣州青年文化服务社等2个党小组，共有党员60余人。1939 年 12月，在国民党顽固派掀起的第一次反共高潮中，国民党江西当局在赣西南地区大肆逮捕共产党员和进步人士，制造了“吉赣事件”，中共赣州市委所属党员一部分被捕，一部分被迫撤离赣州。1940年5月，中共赣州市委改为中共中国工业合作协会东南区办事处工委(简称东南工合工委)，所属机关、团体中的党员由中共赣西南特委直接领导。
春 中共信丰县委在斗尾成立信丰人民抗日救亡工作团，曾日三为负责人。1941年4月，曾日三被捕叛变，信丰人民抗日救亡工作团停止活动。
5月30日 中共江西省委扩大会议决定，在吉安泰和马家洲成立中共赣西南特委。赣南的赣县、赣州、于都、兴国、宁都、汀瑞等县委划归赣西南特委管辖。11月，宁都工委、赣州市委划归赣西南特委管辖。1940年1月，特委机关迁驻赣州龙庄上，并进行改组，龙振代理书记。1941年1月皖南事变后，江西政治形势日益紧张，特委机关从赣州迁驻吉安。9月特委机关和下属党组织均遭破坏。
6月 为加强对赣州抗日救亡运动的领导，根据中共江西省委决定，成立了中共赣州市委员会，隶属于中共赣西南特委领导，机关设在东南工合办事处内，赣西南特委常委余听兼任书记。赣州市委通过在各抗日救亡团体工作的共产党员，运用合法身份团结进步人士，进一步掀起了抗日救亡高潮。
6月 抗日进步刊物《动员旬刊》、《东南工合》、《工合战士》在赣州相继创刊。由于中共赣州市委派出共产党员分别担任这些刊物的编辑或主编，这些刊物成为“宣传党的抗日主张，动员民众，团结朋友，批判顽固派，打击投降派”的有力武器。
8月10日 日机3架在瑞金城区投弹9枚，爆炸7枚，炸死居民 13 人，炸伤39 人，炸毁房屋43栋，炸坏房屋 37 栋。
8月 东南工合干部讲习班在瑞金县历任村开学，学员来自江西、广东、福建等地。中共赣西南特委还派了多名党员到工合讲习班工作。到1940年4月止，共办3期讲习班，培养了130 多名工合和抗战干部。
9月 赣州青年文化服务社成立，由延安派来赣州工作的共产党员吴越任经理。服务社从广西桂林购进一大批进步书刊，其中包括马克思、恩格斯、列宁和毛泽东的著作，供赣州爱国青年阅读。1940年3月，服务社被国民党当局查封，吴越被捕。
10月 在东南工合宁都事务所工作的共产党员吴祚庆、曾耀寰，经唐敬斋介绍，与宁都师训所教员共产党员邱远之接上组织关系，成立中共宁都县小组，邱远之任组长。11月，心远中学党小组、宁都乡村师范党小组相继成立。1940年春，宁都县支部成立;5月成立中共宁都工委，机关驻宁都县城，隶属于中共赣西南特委领导，下辖宁都工合事务所、心远中学、宁都乡村师范学校等3个支部。1941年1月皖南事变后，赣西南党组织接连遭到破坏。4月上旬，宁都工委被国民党破坏。
10月 为搜集国民党设在梅林的江西省政治讲习院情况，中共赣县县委决定建立中共梅林特别小组，中共河东区委书记候礼湖兼任小组长，成员有陈德芳(女)、郑庭仁。
11 月 中共赣南特委书记杨尚奎在信丰县坑口主持召开特委和各县委负责人会议。会议传达中共广东省委会议精神，分析了赣南政治形势，讨论国民党反共逆流的斗争，要求各级党组织提高警惕，防止国民党当局的突然袭击。会后不久，杨尚奎离开特委前往延安参加党的七大，严重接任特委书记。
11 月中共江西省委在上饶召开会议，宣布中共南方局关于由郭潜、李辉、黄耀南3人组成省委常委会的决定。会后，省委领导成员采取分散办公、分别抓点的办法开展工作，郭潜、唐敬斋到赣州工作，李辉、黄耀南到吉安工作。
11 月为加强龙南、全南、定南等地抗日救亡运动的领导，中共三南中心县委成立，李克浩任书记。1943年9月，李克浩在赣州被捕叛变，中心县委停止活动。
冬 国民党瑞金当局破坏抗日民族统一战线，逮捕瑞金通讯处工作人员，捣毁通讯处。新四军瑞金通讯处被迫停止活动。
12 月上旬 中共赣南特委书记杨尚奎启程赴延安，向中共中央汇报赣南 2 年来的工作。
12月27 日 因中共兴国县委书记钟昌顺被捕叛变，中共赣西南特委派人在兴国塘石主持召开兴国县委会议，选举郭敬贵(后叛变，谢名政接任)为县委书记。
12月 中共江西省委在赣州召开扩大会议，组织参加党的七大的代表团。代表团由李辉、罗其南(湘鄂赣特委组织部长)、吴继周(赣西北特委宣传部长)、钟平(赣西南特委组织部长)、曾福如(湘赣特委宣传部长)、李健(妇女代表、江西省委妇女部长)、李毓琰(青年代表、赣西南特委宣传部长)组成。
12月 由于国民党顽固派在全国发动第一次反共高潮，驻江西国民党中统特务加紧破坏中共江西省委及其组织系统。赣州、吉安等地国民党当局也大肆逮捕共产党人。
12月 国民党江西省第四行政区专员公署内设立特务室，下设情报、行动、总务3个组，并拟定《新赣南防共计划》，规定各县军事科长负责与本县各区乡、保长联系，在银行、饭店、旅馆、公共场所等地发展义务情报员，搜集各种情报直接向蒋经国汇报。这样，国民党赣南当局组织了一个严密的特务情报网，侦察监视共产党员和进步人士的活动。